Tu peux absolument te loger à moins de 75 euros pour 2.
Je m'en sors toujours apres une bonne 15aine de voyages la bas sous les 75 pour 2. Pour référence, du coté de Kyoto, j'aurai 1 bonne chambre avec petit dej à 71 euros pour 2 au mois d'aout (en saison pleine, avec obon et daimonji).
Tu peux dans le cadre d'un voyage te renseigner chez ou sur les sites de www.jalpak.fr (rubrique français par exemple) ou voyageurs au Japon.
Les locations sont aussi très pratiques mais le souci est souvent que tu dois louer pendant qq semaines au minimum (souvent 2 semaines...)
sinon pour des bonnes infos le site officiel http://www.vjc.jp/
et si tu te debrouilles en anglais, l'arme ultime:
http://www.e-stay.jp/
(a ne pas oublier non plus les vols interieurs a reserver depuis la france a des tarifs avantageux par JAL par exemple, ou un japan rail pass si des voyages sur place sont a prevoir)