Les voyages au Japon sont tres avantageux en ce moment, avec des taux de 1 euro pour 140 yen tres tres bons pour nous (rapport 1/100 il y a 5 ans... on a gagne +40% depuis!!!), tu peux passer par le site travelex.fr par exemple.
L'avion avec escale est peu cher et tu peux trouver des tarifs en direct assez bas en t'y prenant à l'avance (voir par exemple sur jalpak.fr ou voyageurs au japon pour les voyages)
Sur place, le cout de la vie est devenu similaire voir bien en dessous du cout de la vie a paris par exemple.
Tu manges bien, un menu complet (japonais ou italien ou autre), eau comprise pour disons 1000-1200 yen, 7-9 euros.... et un plat dans les 700 yens.
Pour le logement et les deplacements sur place, il y a la campagne japonaise pour le tourisme:
http://www.vjc.jp/
pour chercher un logement, il y a le super (le site a l'air en travaux cet aprem, mais il etait fonctionnel hier et le sera bientot a nouveau je pense)
http://www.e-stay.jp/
Ne pas oublier de prendre si besoin par la campagne yokoso Japan les vols interieurs au Japon avant le depart, et si besoin toujours le Japan rail pass (voir site de japan railways)
Je conseille Kyoto pour un circuit court, car on y trouve tout du cote historique et osaka n'est pas loin pour le cote moderne.
C'est en fait le moment ideal pour visiter le Japon, la deflation a bien fait reculer les prix et l'inflation peut reprendre bientot. avec les cours du yen, on est dans le creux de la vague des prix de reviens des voyages au Japon.